农学院成立于2023年4月，由原生命科学学院和农林学院组建而成。设有农学、草业科学、生物科学和环境科学4个本科专业。其中，生物科学专业是内蒙古自治区一流本科专业建设点，环境科学专业是学校首批应用型转型发展试点专业之一。

学院下设综合办公室、团学办公室、教学科研办公室3个职能科室，有农学系、草业科学系、生物科学系和环境科学系4个系部，1个实验实训中心。

学院现有内蒙古自治区实验教学示范中心、内蒙古自治区普通生物学“双基合格”实验室、内蒙古自治区生态修复创新平台、呼伦贝尔学院草原生态研究院等教学科研平台；有“乡土草种质资源挖掘与生态修复”“天然草地健康评价与修复”“饲草栽培与加工高效利用”“生态有机肥发酵菌剂研究”“草原生态系统碳汇监测与增汇评价”“呼伦贝尔市生物多样性调查和环境质量评价”“呼伦贝尔草原多营养级互作研究与应用”“大兴安岭林下植物资源研究与利用”“呼伦贝尔草原土壤微生物研究”“作物种质创新及新品种育繁推技术研究与应用”“农牧交错区耕作制度与作物栽培生理生态研究”等11个科研创新团队。

近五年获批各级各类科研、教研项目80余项，总经费1000余万元。其中，有国家农业重点项目1项、国家自然科学基金项目2项、内蒙古自治区科技计划项目2项、内蒙古自治区自然科学基金项目7项。发表各级各类科研、教研论文500余篇，其中SCI论文40余篇。培育牧草、作物新品种9个。授权发明专利2项。出版专著、教材20余部。内蒙古科技厅登记科技成果2项。有自治区级精品课1门、自治区在线开放课1门，校级特色混合课4门、金课2门，课程思政示范课程8门。

学院现有教职工53人。其中，专任教师43人。专任教师中有正高级职称6人，副高级职称18人，中级职称14人；有博士22人，硕士14人，硕士学位以上人员占比83.72%。有内蒙古自治区“草原英才”工程青年创新人才二层次人选1人，自治区“321人才”三层次人才2人，呼伦贝尔市“三区人才”科技特派员3人，国家牧草体系呼伦贝尔站陈旗示范基地负责人1人，中国草学会“科创中国”草地资源与生态产业科技服务团队技术专家1人，中国畜牧业协会草业分会百名优秀人物杰出贡献者1人。多名专任教师在中国作物学会、中国草学会、内蒙古草学会、内蒙古遗传学会、内蒙古植物学会、内蒙古土壤肥料学会等学术团体担任理事或专业委员会委员。学院为内蒙古草学会理事长单位。

学院以培养高素质应用型人才为目标，强化实践教学，依托呼伦贝尔农牧业及区域生态产业优势，与中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、内蒙古自治区农牧业科学院、内蒙古农业大学、辉河国家级自然保护区、呼伦贝尔市农牧局、呼伦贝尔市农牧业科学研究所、呼伦贝尔市农牧技术推广中心、呼伦贝尔市草原工作站、呼伦贝尔市远方牧业有限公司、呼伦贝尔恒屹农牧业股份有限公司等多家高校、科研院所、行业企业建立了长期、稳固的产学研基地，彰显了实践教学特色，突出了专业基本功、基本技能的培养特点，人才培养具有鲜明的地方服务特色。